Được hình thành khoảng những năm 1945-1950, hệ thống cấp nước Đà Nẵng lúc bấy giờ chủ yếu cung cấp nước cho khu vực trung tâm với các giếng khoan và hệ thống đường ống nhỏ bé.
Từ năm 1967, nguồn nước mặt tại sông Cẩm Lệ được khai thác xử lý cung cấp cho thành phố qua việc xây dựng các Trạm cấp nước Cầu Đỏ (năm 1967) và Trạm cấp nước Sân Bay (năm 1969) dần dần thay thế nguồn nước ngầm vì các giếng khoan đã hư hỏng. Trong giai đoạn này, hệ thống đường ống cấp nước cũng được phát triển thêm. Trạm cấp nước Cầu Đỏ phục vụ cho nhu cầu tiêu thụ nước cảu người dân trong khu vực nội thành và Trạm cấp nước Sân Bay phục vụ cho các khu quân sự của chế độ cũ. Đơn vị quản lý hệ thống cấp nước Đà Nẵng lúc bấy giờ là Thủy cục Đà Nẵng.
Năm 1975, thành phố Đà Nẵng được giải phóng, hệ thống cấp nước Đà Nẵng được giữ nguyên vẹn, chính quyền cách mạng tiếp quản và duy trì liên tục hoạt động sản xuất cấp nước, góp phần giữ gìn tình hình an ninh trật tự trong những ngày đầu thành phố mới được giải phóng. Và ngay sau đó, đơn vị quản lý hệ thống cấp nước thành phố được thành lập có tên gọi là Nhà máy nước Đà Nẵng thay thế cho Thủy cục Đà Nẵng của chế độ cũ, công suất cấp nước lúc đó khoảng 12.000 m3/ngày với 3.084 đồng hồ tiêu thụ của khách hàng.
Năm 1979, trước yêu cầu phát triển người dân thành phố cần có nước máy sử dụng, Ban lãnh đạo Nhà máy nước Đà Nẵng lúc đó đã tập trung váo công tác củng cố cơ sở vật chất kỹ thuật, cải tạo, mở rộng nâng công suất Trạm cấp nước Cầu Đỏ lên 12.000m3/ngày và Trạm cấp nước Sân Bay lên 10.000m3/ngày. Cùng với việc cải tạo, mở rộng các trạm cấp nước, hệ thống đường ống cấp nước các loại cũng được thi công lắp đặt và đến năm 1985 tổng số đồng hồ khách hàng là 13.000 chiếc.
Năm 1985, để đáp ứng yêu cầu phát triển của thành phố, UBND tỉnh Quảng Nam Đà Nẵng lúc bấy giờ đã thành lập Công ty Cấp nước Quảng Nam Đà Nẵng (QNĐN) trên cơ sở Nhà máy nước Đà Nẵng được bổ sung nhiệm vụ và nâng cấp về quy mô tổ chức sản xuất kinh doanh. Được sự quan tâm của lãnh đạo cấp trên, Công ty Cấp nước QNĐN đã triển khai các dự án với các công trình mang tính trọng điểm:
+ Đầu tư xây dựng Trạm cấp nước Sơn Trà I, II, III với công suất thiết kế 5.000 m3/ngày khai thác từ nguồn nước suối tại núi Sơn Trà và đưa vào hoạt động (năm 1991);
+ Cải tạo NMN Cầu Đỏ nâng công suất lên 50.000 m3/ngày và thi công lắp đặt tuyến ống chính D900 từ NMN Cầu Đỏ về thành phố (dự án cải tạo hệ thống cấp nước Đà Nẵng bằng vốn vay ODA của Pháp giai đoạn 3A vào năm 2002);
+ Xây dựng và cải tạo NMN Sân Bay nâng công suất lên 30.000m3/ngày (dự án cải tạo hệ thống cấp nước Đà Nẵng giai đoạn 3B, hoàn thành vào năm 2005);
+ Dự án cấp nước thành phố Đà Nẵng giai đoạn 1 với các hạng mục công trình: Xây dựng trạm bơm phòng mặn tại An Trạch và tuyến ống nước thô D1200 với công suất 250.000m3/ngày; Xây dựng mới nhà máy công suất 120.000m3/ngày tại Nhà máy nước Cầu Đỏ; Lắp đặt 64km tuyến ống D300-D1200 và 50km các tuyến ống D150-200 (hoàn thành và đưa vào khai thác từ tháng 1/2008).
Cùng với việc triển khai các dự án, từ sau năm 1990, bộ máy tổ chức của Công ty cũng được củng cố và hoàn thiện, các Trạm cấp nước đổi tên thành các Nhà máy nước, các Xí nghiệp được thành lập. Từ năm 2000, các Chi nhánh cấp nước tại các quận lần lượt được ra đời nhằm đáp ứng kịp thời yêu cầu trong công tác quản lý và giao dịch với khách hàng.
Từ tháng 10/2007, với việc triển khai Dự án hỗ trợ kỹ thuật (USP) do Chính phủ Hà Lan và VEI tài trợ đã giúp nâng cao năng lực quản lý của Công ty về: công tác sản xuất nước, chất lượng nước, mạng lưới phân phối, công tác lập hóa đơn, thu tiền, quan hệ khách hàng, quản trị và cung cấp thông tin tài chính, quản trị chiến lược và quy hoạch tổng thể.
Thông qua dự án USP của Hà Lan, các giải pháp quản lý đã được thực hiện: xây dựng sổ tay quản lý thiết kế, quản lý thi công,…; một số phần mềm, chương trình máy tính cũng được thiết lập phục vụ cho công tác quản lý: chương trình quản lý theo mô hình GIS, chương trình phần mềm quản lý hóa đơn – khách hàng, quản lý tài chính (ERP), chương trình bảo dưỡng FMECA; thiết lập hệ thống kiểm soát áp lực – lưu lượng tại các nhà máy và mạng lưới.
Cải tiến dịch vụ khách hàng, kiểm soát chất lượng dịch vụ, tăng cường mối quan hệ, trao đổi thông tin với khách hàng thông qua hoạt động Hội nghị khách hàng, tổ chức các khóa đào tạo về giao dịch với khách hàng cho các nhân viên thu ngân, biên đọc với mục tiêu: “Nâng cao chất lượng dịch vụ, lấy Khách hàng làm trung tâm cho các hoạt động”.
Vào tháng 6/2010, Công ty Cấp nước Đà Nẵng đã chuyển mô hình tổ chức hoạt động từ Doanh nghiệp nhà nước sang Công ty Trách nhiệm hữu hạn một thành viên nhằm nâng cao năng lực hoạt động, chất lượng và hiệu quả quản lý doanh nghiệp.
Hiện nay, cơ cấu sản xuất kinh doanh ngoài 2 ngành chính là Sản xuất nước và Xây lắp, Công ty còn hoạt động trong lĩnh vực sản xuất kinh doanh nước uống tinh khiết đóng chai, kinh doanh vật tư chuyên ngành cấp nước, tư vấn thiết kế xây dựng công trình cấp thoát nước.
Đà Nẵng hiện đang trong giai đoạn phát triển mạnh về quy mô đầu tư xây dựng cùng với mức sống không ngừng nâng cao. Để đáp ứng nhu cầu phát triển của Thành phố, Công ty đã tận dụng mọi nguồn kinh phí từng bước cải tạo hệ thống xử lý nước, lắp đặt các thiết bị điều khiển tự động, thiết lập hệ thống kiểm soát chất lượng nước tương ứng, đầu tư phát triển hệ thống mạng lưới cấp nước đảm bảo cấp nước bền vững, an toàn về chất lượng, lưu lượng và áp lực.