Được hình thành vào khoảng những năm 1945-1950, hệ thống cấp nước Đà Nẵng lúc bấy giờ chủ yếu cung cấp nước cho khu vực trung tâm với các giếng khoan và hệ thống đường ống nhỏ bé.

Trước năm 1954 toàn thành phố đều sử dụng nước ngầm với 36 giếng khoan ở độ sâu 30-50m. Đến năm 1971 hai nhà máy khai thác nước sông Cẩm Lệ được xây dựng: Nhà máy nước Cầu Đỏ công suất 5.600 m³/ngày đêm và Nhà máy nước Sân Bay công suất 12.000m³/ngày đêm. Đơn vị quản lý hệ thống cấp nước Đà Nẵng lúc bấy giờ là Thủy cục Đà Nẵng.

Thành phố Đà Nẵng được giải phóng, hệ thống cấp nước Đà Nẵng được giữ nguyên vẹn, chính quyền cách mạng tiếp quản và duy trì liên tục hoạt động sản xuất cấp nước, góp phần giữ gìn tình hình an ninh trật tự trong những ngày đầu thành phố mới được giải phóng. Và ngay sau đó, đơn vị quản lý hệ thống cấp nước thành phố được thành lập có tên gọi là Nhà máy nước Đà Nẵng thay thế cho Thủy cục Đà Nẵng của chế độ cũ, công suất cấp nước lúc đó khoảng 12.000 m³/ngày với 3.084 đồng hồ tiêu thụ của khách hàng.

Để đáp ứng yêu cầu phát triển, người dân thành phố cần có nước máy sử dụng, Ban lãnh đạo Nhà máy nước Đà Nẵng lúc đó đã tập trung vào công tác củng cố cơ sở vật chất kỹ thuật, cải tạo, mở rộng nâng công suất Trạm cấp nước Cầu Đỏ đạt mức 12.000 m³/ngày và Trạm cấp nước Sân Bay đạt mức 10.000 m³/ngày. Cùng với việc cải tạo mở rộng các trạm cấp nước, hệ thống đường ống cấp nước các loại cũng được thi công lắp đặt và đến năm 1985 tổng số đồng hồ khách hàng là 13.000 chiếc.

Để đáp ứng yêu cầu phát triển của thành phố, UBND tỉnh Quảng Nam – Đà Nẵng lúc bấy giờ đã thành lập Công ty Cấp nước Quảng Nam Đà Nẵng trên cơ sở Nhà máy nước Đà Nẵng được bổ sung nhiệm vụ và nâng cấp về quy mô tổ chức sản xuất kinh doanh. Được sự quan tâm của lãnh đạo cấp trên, Công ty Cấp nước Quảng Nam – Đà Nẵng đã triển khai các dự án với các công trình mang tính trọng điểm như: Trạm cấp nước Sơn Trà I, II, III, cải tạo nâng công suất Nhà máy nước Cầu Đỏ, Sân Bay, … Dự án cấp nước thành phố Đà Nẵng giai đoạn I với các hạng mục công trình: Xây dựng trạm bơm phòng mặn tại An Trạch và tuyến ống nước thô D1200 với công suất 250.000 m³/ngày; xây dựng mới nhà máy công suất 120.000 m³/ngày tại Nhà máy nước Cầu Đỏ…

Cùng với việc triển khai dự án, từ sau năm 1990, bộ máy tổ chức của Công ty cũng được củng cố và hoàn thiện, các Trạm cấp nước đổi tên thành các Nhà máy sản xuất nước, các Xí nghiệp được thành lập. Bắt đầu từ năm 2000, các Chi nhánh Cấp nước tại các quận, huyện được ra đời nhằm đáp ứng kịp thời nhu cầu quản lý và giao dịch với khách hàng.

Ngày 14/06/2010, UBND thành phố Đà Nẵng ra Quyết định số 4411/QĐ-UBND về việc Phê duyệt Đề án chuyển Công ty Cấp nước Đà Nẵng (DNNN) thành Công ty trách nhiệm hữu hạn một thành viên Cấp nước Đà Nẵng. Ngày 01/07/2010, Công ty được Sở Kế hoạch và Đầu tư TP. Đà Nẵng cấp Giấy Chứng nhận đăng ký doanh nghiệp số 0400101066 lần đầu và chính thức hoạt động với hình thức Công ty TNHH MTV.

UBND TP. Đà Nẵng ra Quyết định số 5354/QĐ-UBND ngày 09/08/2016 phê duyệt Phương phán cổ phần hóa Công ty TNHH MTV Cấp nước Đà Nẵng thành CTCP Cấp nước Đà Nẵng. Ngày 18/10/2016, UBND TP. Đà Nẵng tiếp tục ra Quyết định số 7084/QĐ-UBND phê duyệt điều chỉnh Vốn Điều lệ và cơ cấu cổ phần phát hành lần đầu trong Phương án cổ phần hóa. Cơ cấu cổ phần phát hành lần đầu bao gồm: 60% Vốn Nhà nước, 5% bán cho người lao động Công ty và 35% bán cho cổ đông chiến lược.

Đại hội đồng cổ đông thành lập Công ty cổ phần Cấp nước Đà Nẵng được tổ chức. Ngày 01/11/2016, Sở Kế hoạch và Đầu tư TP. Đà Nẵng cấp Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp thay đổi lần thứ 8, Công ty chính thức hoạt động theo hình thức Công ty cổ phần với vốn điều lệ là 579.640.610.000 đồng.

Sau 3 năm CPH, Công ty đã đạt được nhiều đổi mới trong công tác điều hành và đầu tư nhiều công trình mang tính đột phá.